Namun, di dalam hirarki Peraturan Perundang-undangan yang termaktub Pasal 7 ayat (1) Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2011 tentang Pembentukan Peraturan Perundang-undangan, terdiri dari:
- Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945;
- Ketetapan Majelis Permusyawaratan Rakyat;
- Undang-Undang/Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang;
- Peraturan Pemerintah;
- Peraturan Presiden;
- Peraturan Daerah Provinsi; dan
- Peraturan Daerah Kabupaten/Kota.
Difokuskan pada Peraturan Daerah Provinsi maupun Kabupaten/Kota, materi muatan didalamnya berisikan materi muatan dalam rangka penyelenggaraan otonomi daerah dan tugas pembantuan serta menampung kondisi khusus daerah dan/atau penjabaran lebih lanjut Peraturan Perundang-undangan yang lebih tinggi. Pengaturan mengenai urusan Pemerintahan juga telah dijabarkan dalam Pasal 9 UU 23/2014 atau UU Perda, yang terdiri dari urusan pemerintahan absolut, konkuren, dan umum. Urusan agama berada pada ruang lingkup urusan pemerintahan absolut yang merupakan urusan yang menjadi kewenangan pemerintah pusat. Dengan adanya asas dekonsentrasi, urusan agama yang merupakan urusan pemerintahan absolut, nyatanya dimungkinkan untuk dilimpahkan wewenangnya kepada instansi vertikal yang ada di daerah atau gubernur sebagai wakil pemerintah pusat.
