Maka berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan di atas, memang terdapat limitasi kewenangan dalam hal menjalankan sebagai Kepala Daerah, salah satunya adalah larangan untuk melakukan mutasi pegawai.
Selain itu, terdapat sebuah peraturan kebijaksanaan yang mengatur aspek kepegawaian secara lebih teknis operasional yakni berdasarkan Surat Badan Kepegawaian Negara Nomor K.26-304/.10. dalam surat tersebut memberikan catatan terhadap kewenangan yang tidak bisa diambil oleh Penjabat Kepala Daerah, yakni Penjabat Kepala Daerah tidak memiliki wewenang untuk mengambil atau menetapkan keputusan yang memiliki akibat hukum (civil effect), utamanya dalam aspek kepegawaian seperti melakukan mutasi pegawai yang berupa pengangkatan, pemindahan dan pemberhentian dalam/ dari ASN, menetapkan keputusan hukuman disiplin yang berupa pembebasan dari jabatan atau pemberhentian dengan hormat tidak atas permintaan sendiri sebagai pegawai negeri sipil kecuali telah mendapatkan persetujuan dari Mendagri.
Sehingga substansi dari SE Menteri Nomor 821/5492/SJ yang memberikan tambahan kewenangan kepada Penjabat Kepala Daerah untuk bisa melakukan mutasi dan pemberhentian aparatur sipil tanpa persetujuan Mendagri bertentangan dengan peraturan perundangan undangan dan peraturan kebijaksanaan diatas.
