Jaminan kebebasan akademik tidak hanya dimiliki oleh dosen namun juga dimiliki oleh mahasiswa. Pada Undang-Undang a quo secara khusus dikodifikasikan melalui rumusan Pasal 13 ayat (3), secara tegas disebutkan bahwa Mahasiswa memiliki Kebebasan Akademik dengan mengutamakan penalaran dan akhlak mulia, serta bertanggung jawab sesuai dengan budaya akademik. Perwujudan kebebasan akademik dapat diterapkan melalui serangkaian kegiatan diantaranya dilakukan melalui kajian, penelitian maupun penyebarluasan ilmu pengetahuan.
Pada tataran faktual jaminan akan kebebasan akademik tidak selamanya berjalan mulus. Terkadang gagasan maupun temuan ilmiah yang lahir dari prinsip kebebasan akademik memiliki pertentangan dengan pihak lain, sehingga hal ini kemudian memunculkan benturan yang berimplikasi pada lahirnya tekanan dan ancaman bagi prinsip kebebasan akademik itu sendiri. Di tahun 2019, Kaukus untuk Kebebasan Akademik Indonesia (KKAI) menilai Indonesia belum sepenuhnya melindungi kebebasan akademi baik kaum intelektual kampus. Tercatat sepanjang tahun 2019, terdapat enam model kasus represif terhadap kebebasan akademik yakni terbunuhnya mahasiswa ketika melakukan aksi, persekusi, ancaman pembunuhan, kriminalisasi, gugatan tidak wajar (SLAPP/Strategic Lawsuit Against Public Participation), pembubaran pers mahasiswa, dan skorsing terhadap mahasiswa (Alfina, 2020).
