Kewenangan dari Hak sebagai Ciri Khas Otonomi
Selain wewenangnya sebagai badan hukum publik biasa, desa menyelenggarakan pemerintahan sendiri dengan kewenangan seperti politik, mengadili, dan pengaturan dengan skala yang sangat terbatas. Yang menjadi ciri khas dari otonomi desa adalah wewenang dari hak asal-usul dan kewenangan bersifat lokal yang tidak dilimpahkan pemerintah daerah. Hal ini membuat otonomi desa berbeda dari otonomi daerah. Kewenangan-kewenangan lokal dan dari hak tersebut sekiranya mencakup mengenai pembinaan lembaga dan hukum adat, pengelolaan tanah dan hak ulayat bagi Desa Adat, dan pembangunan desa dan pemberdayaan masyarakat.
Instrumen utama pengaturan desa saat ini, yaitu UU No. 6 tahun 2014 tentang Desa, mempertahankan kewenangan tersebut melalui asas subsidiaritas dan asas rekognisi yang mengakui penetapan kewenangan skala lokal dan hak asal-usul. Kombinasi atas asas rekognisi dan subsidiaritas ini yang kemudian juga menghasilkan definisi desa yang berbeda. Dalam undang-undang, desa dibagi menjadi dua, yaitu desa yang merujuk pada definisi umum dan desa adat yang merujuk pada desa dengan keberadaan masyarakat adatnya dan hak asal-usulnya yang lebih dominan. Menurut penjelasan UU Desa, ketentuan ini dibuat untuk mencegah terjadinya tumpang tindih wilayah, kewenangan, duplikasi kelembagaan antara Desa dan Desa Adat dalam satu wilayah.
