Apa yang diatur dalam Instruksi Menteri Dalam Negeri terkait serangkaian PPKM ini apabila berbicara mengenai ketentuan pembatasan kegiatan tertentu tidak bertentangan dengan peraturan perundang-undangan. Itu pula yang menjadikan PSBB dan PPKM Nampak serupa. Namun menariknya Instruksi Mendagri Nomor 15 Tahun 2021 tentang Pemberlakuan PPKM Darurat selain menginstruksikan pemerintah daerah untuk membatasi kegiatan tertentu seperti penutupan tempat rekreasi, justru memuat pula ketentuan yang memuat aturan pidana yang seharusnya diatur dengan peraturan perundang-undangan. Hal ini dapat kita temukan dalam diktum kesepuluh Instruksi Menteri Dalam Negeri Nomor 15 Tahun 2021 yang menyatakan bahwa setiap orang dapat dikenakan sanksi bagi yang melakukan pelanggaran pengendalian wabah penyakit menular berdasarkan UU tentang Wabah Penyakit Menular dan UU Kekarantinaan Kesehatan, Perda, dan ketentuan peraturan perundang-undangan lain yang terkait. Ketentuan ini selain bertentangan dengan ketentuan mengenai pembentukan peraturan perundang-undangan, juga bertentangan secara wewenang karena UU Kekarantinaan Kesehatan menitikberatkan kuasa pengaturan kekarantinaan Kesehatan pada Menteri Kesehatan.
Ketidakjelasan tampak dari dasar hukum pemberlakuan PPKM ini. Pertama, tidak jelas apakah serangkaian PPKM ini merupakan bagian dari PSBB atau bukan, mengingat dengan tidak dicabutnya ketentuan mengenai PSBB dengan peraturan pemerintah atau yang lebih tinggi menandakan PSBB masih berlaku. Kedua, tidak jelas pula apakah serangkaian PPKM ini merupakan kebijakan yang didasarkan pada UU Kekarantinaan Kesehatan atau bukan. Substansi Instruksi Menteri Dalam Negeri justru menunjukan pengaturan yang tidak konsisten terhadap pelaksanaan UU Kekarantinaan Kesehatan.
