Dalam perkembangannya, kewenangan KY dalam melaksanakan fungsi pengawasannya terhadap dua lembaga kehakiman (MA dan MK) mengalami dinamika perubahan. Sebelumnya, KY memiliki kewenangan untuk melakukan pengawasan terhadap seluruh hakim baik di Mahkamah Agung serta badan peradilan di bawahnya dan Mahkamah Konstitusi. Namun, pasca putusan MK Nomor 005/PUU-IV/2006, terjadi perubahan yang cukup signifikan terhadap fungsi pengawasan yang dimiliki oleh KY, dimana KY tidak dapat melakukan pengawasan eksternal kepada hakim MK.
Hal ini berawal dari adanya ketegangan antara MA dan KY, dimana MA berpandangan bahwa ruang lingkup pengawasan KY terhadap hakim seharusnya hanya terbatas pada badan peradilan di bawah lingkungan Mahkamah Agung saja. Oleh karenanya, MA berpandangan bahwa hakim agung dan hakim konstitusi tidak masuk dalam ruang lingkup tersebut, sehingga tidak seharusnya diawasi oleh KY (Nita, 2017:43).
Pada tahun 2006, 31 Hakim Agung yang dikuasakan kepada lima pengacara yaitu Prof. Dr. Indrianto Senoadji, S.H., Wimboyono Senoadji, S.H., M.H., Denny Kailimang, S.H., M.H., Dr. O.C. Kaligis, S.H., M.H., dan Juan Felix Tampubolon, S.H., M.H. melakukan judicial review ke MK untuk membatalkan pasal-pasal yang mengatur mengenai kewenangan KY untuk melakukan pengawasan terhadap hakim agung.
