Sejauh ini belum terdapat gugatan uji materi Perber 2 menteri pada Mahakamah Agung (MA). Perlu adanya upaya pengajuan uji materi ke MA berdasarkan problematika yang muncul selama berlakunya Perber 2 menteri tersebut. Pendirian rumah ibadah memang lebih baik jika ada regulasi yang mengatur agar masyarakat memiliki pedoman dan standarisasi secara administratif dalam pendirian rumah ibadah. Sehingga, tetap perlu aturan mengenai pendirian rumah ibadah namun dengan substansi yang berbeda dari perber 2 menteri. Regulasi mengenai pendirian rumah ibadah seharusnya tidak hanya menilai peran warga secra kuantitatif, melainkan secara kualitatif. Apabila terdapat warga yang tidak setuju dengan pendirian rumah ibadah tersebut dapat mengemukakan argumentasinya. Sehingga, pendirian rumah ibadah tidak membutuhkan dukungan warga dalam jumlah tertentu.
Dasar argumentasi penolakan pendirian rumah ibadah juga harus berdasarkan kondisi kondisi tertentu yaitu pendirian rumah ibadah tidak boleh menggangu kepentingan umum yang lebih besar. Sebagai ilustrasi, pendirian rumah ibadah tidak dapat diterima karena perencanaannya belum matang mengenai lahan parkir dan sebagainya sehingga berpotensi menggangu lingkungan atau kepentingan umum. Sehingga, dasar argumentasi penolakan pendirian rumah ibadah tidak berdasarkan dasar teologis atau prasangka sosial. Pembaruan terhadap regulasi pendirian rumah ibadah juga perlu mempertimbangkan aspek aparat penegak hukum agar regulasi tersebut dapat berjalan tanpa adanya pengaruh dan tekanan dari kelompok intoleran.
