Jelas yang dikatakan independensi hakim adalah ketika hakim dapat dengan bebas dalam memeriksa dan mengadili perkara dan bebas dari campur tangan atau kekuasaan ekstra yudisial. Hadirnya PERMA sama sekali tidak mencampuri urusan hakim dalam hal memeriksa dan mengadili perkara. Pada dasarnya hadirnya PERMA ini sebagaimana yang telah dijelaskan sebelumnya dikarenakan timbulnya disparitas yang mencolok. Timbulnya disparitas yang mencolok ini akan menimbulkan ketidakadilan tentunya.
Hal ini dikarenakan dalam kasus yang kurang lebih sejenis, seringkali terjadi disparitas. Akibatnya hukuman terhadap koruptor menjadi inkonsisten. Berdasarkan penelitian Masyarakat Pemantau Peradilan Indonesia Fakultas Hukum Universitas Indonesia (MaPPI-FHUI), dari sekitar 600 perkara tipikor ternyata ditemukan paling banyak adanya disparitas pemidanaan itu terjadi pada Pasal 2 dan Pasal 3 Undang-Undang Tipikor (Akbari, Saputro, dan Mabrun, 2017: 53).
Hadirnya PERMA No 1/2020 ini akan menghilangkan disparitas mencolok, karena nantinya pidana yang dijatuhkan dapat dipertanggungjawabkan dari segi keadilan, proporsional, keserasian, dan kemanfaatan. Terutama bila dikaitkan antara satu perkara dan perkara lain yang serupa sesuai dengan PERMA No 1/2020 ini. Pihak yang kontra menilai bahwa independensi hakim akan terganggu dengan adanya PERMA No 1/2020 ini, karena harus mengacu pada pedoman yang ada sehingga tidak bebas untuk menggunakan penilaiannya.
